Kolonoskopi sırasında barsak delinmesi, barsak kanaması gibi komplikasyonlar 1/1000 sıkılıkta ortaya çıkarlar. Tecrübeli ellerde bu komplikasyon oranı çok daha düşük olup bu istenmeyen durumların ortaya çıkması halinde ise kısa sürede yapılacak cerrahi müdahaleler ile sorun ortadan kaldırılabilmektedir.

Yapılacak ağrı kesici, sakinleştirici, spazm giderici ve lokal uyuşturuculara karşı allerjik reaksiyonlar; kolonoskopiye bağlı bağırsak duvarında ya da asıcı zarlarında (mezenter) yırtılma; dalak, karaciğer gibi karın içi organlarında yırtılma, biyopsi yerinden kanama, polipektomi yerinden kanama veya delinme (hemen olabileceği gibi günler sonra da ortaya çıkabilir), polipektomi sırasında kullanılan aletlerin içeride takılması. Tüm bu komplikasyonlar için hastanede yatış, acil ameliyat, kan transfüzyonu ve tekrar kolonoskpi gerekebilir.

Polipler özelliklede küçük olanlar %5-10 oranında gözden kaçabilir, nadiren kolon kanseri de gözden kaçırılabilir. Kalın bağırsak yırtılması 1000 kolonoskOpide 1 görülür. Kanama polipektomiye bağlı olarak daha sık meydana gelir, hatta işlemden 2 hafta sonraya kadar da görülebilir.
Tüm bu komplikasyonlar acil ameliyat gerektirebilirler ve 1000 de birin altında ölüm riski taşırlar. Myokard infarktüsü, solunum zorluğu ve kalp durması gibi diğer ölümcül komplikasyonlrda nadir de olsa görülebilir. Kolonoskopi ile kalın bağırsak kanser gelişmeyeceğini garanti etmez. Fakat poliplerin çıkartılması ile gelecekte oluşacak kalın bağırsak kanser riski azaltılabilir.