Kolonoskopi, deneyimli gastroenteroloji uzmanları tarafından yapıldığında güvenli bir endoskopik işlem olarak kabul edilir. Ancak her tıbbi müdahalede olduğu gibi, bazı nadir riskler ve komplikasyonlar görülebilir.

En sık karşılaşılabilecek riskler şunlardır:

• Hafif kanama: Özellikle polip çıkarma veya biyopsi yapılan hastalarda kısa süreli kanama görülebilir.
• Bağırsak delinmesi (perforasyon): Çok nadir görülen bir komplikasyondur. Özellikle ileri endoskopik işlemler sırasında teorik bir risk olarak kabul edilir.
• Gaz ve karın ağrısı: İşlem sırasında verilen hava nedeniyle işlem sonrasında şişkinlik ve hafif karın ağrısı olabilir.
• Anesteziye bağlı yan etkiler: Kısa süreli uyutma sırasında tansiyon veya nefes ritminde değişiklikler görülebilir, ancak anestezi ekibinin kontrolünde hızla düzelir.