Sanal kolonoskopi, BT (bilgisayarlı tomografi) veya MRI ile kalın bağırsakların incelendiği bir görüntülemedir. İşlem standart kolonoskopinin yerine geçen bir yöntem değildir.

Bu işlem öncesinde de rutin kolonoskopi işlemindeki gibi hazırlık gerekmektedir. Ardından BT veya MRI cihazı ile yapılan görüntülemeler bilgisayarda incelenir. İşlem pratik görünmekle birlikte birtakım önemli dezavantajları bulunmaktadır. Bunlardan ilki 1 cm altındaki lezyonların gözden kaçabilmesi ve mukozal yüzey değişikliklerinin net değerlendirilememesidir. Bir diğer önemli dezavantaj da işlem sırasında şüpheli bir lezyon görülmesi durumunda biyopsi alınamaması, kesin tanı konulamaması ve lezyonun tedavi edilememesidir. Şüpheli bir lezyon saptanması halinde standart işlemin yapılması ve lezyonun tanınması, biyopsi alınması ya da polip gibi bir lezyonun çıkartılması gerekmektedir.

Görüldüğü üzere bu işlem pratik gibi görünse de standart kolonoskopinin yerini tutabilecek bir işlem değildir. Sanal kolonoskopi ancak rutin işlemin yapılamadığı özel bazı durumlarda kullanılan yardımcı bir görüntüleme yöntemidir