Kolonoskopi, herhangi bir şikayeti olsun ya da olmasın 45 yaşını geçen herkesin yaptırması ve 5 yılda bir tekrarlanması gereken bir işlemdir. Buradaki amaç kolon kanseri taramasıdır; çünkü kolon kanseri dünyada en sık görülen üçüncü kanser türüdür. Kolonoskopi işlemi ile kanser öncülü olan polipler (et benleri) kolaylıkla tanınır ve işlem sırasında alınabilir. Böylece poliplerden gelişebilecek kanserler de önlenebilir. Görüldüğü üzere kolon kanseri aslında önlenebilir bir hastalıktır. Özellikle ailesinde kolon kanseri hikayesi olan kişilerde daha erken yaşlarda da önerilebilir. Örneğin, ailede bir kişi 45 yaşında kolon kanseri tanısı aldıysa, diğer aile yakınlarının 10 yıl öncesinde yani 35 yaşında kolonoskopi taramasına başlaması tavsiye edilir.

Kolonoskopi için öncelikle bağırsak temizliği yapılmış olmalıdır. Ayrıca anestezi gerektiren bir işlem olduğu için kalp, böbrek ve akciğer hastalarında anestezi riski değerlendirildikten sonra işlem yapılmalıdır. Kan sulandırıcı ilaç kullanımı halinde de kişinin doktoruyla görüşerek gerekli önlemler alındıktan sonra işlem yapılmalıdır. Bağırsak tıkanıklığı şüphesi olması halinde de işlem yapılması uygun değildir. Hamilelerde de çok zaruri bir durum olmadıkça işlem yapılmamalıdır.