Kolonoskopi genellikle güvenli bir işlemdir, ancak gibi bazı hafif ve nadir görülen yan etkiler ortaya çıkabilir. Bu yan etkiler çoğu zaman kısa süreli olur ve kendiliğinden geçer.
Kolonoskopinin olası yan etkileri şu şekilde sıralanabilir:
Kolonoskopi sonrası belirtiler genellikle kısa sürelidir. Şiddetli karın ağrısı, yüksek ateş veya yoğun kanama gibi durumlarda acil tıbbi yardım alınması gerekir.