Kolonoskopi işlemi genellikle 20–40 dakika arasında sürer. Hazırlık, anestezi uygulaması ve işlem sonrası dinlenme süresi de eklendiğinde toplam süre 1–2 saati bulabilir. Polip çıkarılması veya biyopsi yapılması gibi ek işlemler olduğunda bu süre biraz daha uzayabilir. Hastalar, işlem sonrası kısa bir dinlenmenin ardından aynı gün içinde taburcu edilerek günlük hayatlarına dönebilir.

Bağırsak kanseri riski olmayan bireyler için kolonoskopi 50 yaşından itibaren her 10 yılda bir önerilir. Ailede bağırsak kanseri öyküsü olanlar veya polip geçmişi bulunan hastalar için doktorun belirlediği daha sık aralıklarla yapılabilir.

Kan sulandırıcı ilaç kullanan hastalar, işlem sırasında kanama riskini önlemek için doktorlarına danışarak ilaçlarını geçici olarak bırakmalıdır. İlacın kesilip kesilmeyeceği ve ne zaman yeniden başlanacağı doktorun önerisine göre belirlenir.

Kolonoskopi genellikle sedasyon (hafif uyutma) altında yapıldığı için hasta işlem sırasında ağrı veya rahatsızlık hissetmez. Sedasyon uygulanmayan durumlarda hafif bir baskı veya gaz hissi oluşabilir, ancak dayanılabilir seviyededir.

Bağırsak delinmesi (perforasyon) riski taşıyan hastalar, ağır kalp veya solunum rahatsızlığı olan kişiler için kolonoskopi uygun olmayabilir. Ayrıca, ciddi enfeksiyon veya kontrolsüz kanama durumlarında da işlem ertelenebilir.

Hamilelik sırasında kolonoskopi yalnızca ciddi bir tıbbi gereklilik varsa ve doktor onayıyla yapılır. İşlem, fetüse zarar verme riski nedeniyle genellikle gebeliğin ilk üç ayında önerilmez.

Evet, kolonoskopi sırasında bağırsakta tespit edilen polipler özel cihazlar yardımıyla alınabilir. Bu işlem, poliplerin kansere dönüşme riskini azaltmak için uygulanır ve genellikle ağrısızdır.

Eğer işlem sırasında biyopsi alınmadıysa sonuçlar genellikle aynı gün verilebilir. Biyopsi yapıldıysa patoloji sonuçları birkaç gün içinde çıkar.

İşlem sırasında damardan ilaç verilmek suretiyle kısa süreli genel anestezi uygulanır. Böylece işlem olan hasta herhangi bir ağrı duymayacağı gibi işlemi hatırlamaz.